La Empresa Portuaria Austral es administrada por un Directorio conformado por tres directores, los cuales son designados por acuerdo del Consejo del Sistema de Empresas Públicas (SEP) y un representante de los trabajadores de la empresa que es elegido por ellos. El nombramiento del actual Directorio de la Empresa Portuaria Austral consta en el oficio N° 188 de fecha 27 de junio de 2018, del Sistema de Empresas Públicas (SEP).
